Meski pimpinan Al Zaytun bermasalah, namun Wakil Sekretaris Jenderal MUI Ikhsan Abdullah berharap agar pondok pesantren tersebt justru tak ditutup. Pasalnya, penutupan Ponpes Al Zaytun akan menyangkut nasib banyak pihak, sehingga baiknya adalah dilakukan pergantian pengurus.